A origem do bairro remonta a um local onde tropeiros faziam parada, denominado Cruz das Almas, assim chamado por existir ali uma cruz onde se acendiam velas e colocavam imagens de santos em homenagem aos mortos. Uma das histórias que sobreviveu por séculos conta que, no local, ladrões assassinaram dois irmãos tropeiros gaúchos, daí porque foi montado este pequeno santuário. Já no século XVIII, existia na prefeitura da cidade a referência a Cruz das Almas.

Em 1910, em Cruz das Almas, foi construída a capela de Santa Cruz, no cruzamento das ruas Santa Cruz e Domingos de Morais (hoje fora do distrito). Sete anos mais tarde a capela foi elevada à condição de paróquia sob a invocação de Nossa Senhora da Saúde. Em 1928, iniciou-se a construção de uma grande igreja. Ao redor da igreja, surgiu um núcleo de moradores formado principalmente pelos recém-chegados imigrantes Euro-orientais , asiáticos, escandinavos e ocidento-europeus, especialmente russos, japoneses, suecos e alemães, na qual as construções recém construídas existentes na época eram em estilo eclético, muito imóveis que existiam na época deixaram de existir devido as intensas descaracterizações e demolições ocorridas nas épocas mais recentes.

Com o passar do tempo, o velho nome "Nossa Senhora da Saúde" foi sendo abreviado e se transformou simplesmente em "Saúde", que deu nome ao distrito criado em 1925. No século XIX, a Prefeitura havia reservado uma grande área que ficou conhecida como "Bosque da Saúde". O local era frequentado nos fins de semana para passeios e piqueniques. Em 1930, o bosque foi dividido e, dez anos depois, a Companhia City loteou uma área vizinha ao bosque. O loteamento foi chamado Jardim da Saúde. Em 1947, a prefeitura deu nomes às primeiras ruas do bairro.

Em 14 de setembro de 1974, o bairro foi um dos primeiros a ser atendidos pelo Metrô de São Paulo. Isso acabou servindo como elemento propulsor da procura por imóveis na região, bem como do aumento do comércio e do setor de serviços, o que torna a Saúde um dos distritos com melhor infra-estrutura para se viver e trabalhar na capital.