Pode-se dividir a história de São Bernardo do Campo em várias fases. A primeira, intimamente ligada às das vizinhas Santo André e São Paulo, se iniciou em 1550, quando a cidade de Santo André da Borda do Campo começou a se organizar. No início de 1550 os padres jesuítas que desbravaram o Brasil em busca de catequizar os índios descobriram que na região de São Bernardo do Campo havia índios canibais. Seu fundador foi João Ramalho, que se casou com a índia Bartira, filha do cacique Tibiriçá dos índios guaianases que posteriormente tornou-se alcaide. A oficialização da cidade se deu em 8 de abril de 1553, quando foi erguido o pelourinho da vila denominada Santo André da Borda do Campo. Essa fase teve fim no ano de 1560, quando seus habitantes foram transferidos para São Paulo de Piratininga.[8] A documentação do período hoje se encontra arquivada na cidade de São Paulo. Após esse evento, a vila vive um período de grande estagnação, sendo transformada em uma grande sesmaria, da qual Amador de Medeiros era o provedor. O mesmo Amador de Medeiros doa a sesmaria aos monges beneditinos do Mosteiro de São Bento, que a transformam em duas grandes fazendas, a de São Caetano e a de São Bernardo, em 1717.

A população residente no núcleo da Fazenda de São Bernardo manifestou a vontade de erigir uma nova igreja, mas não poderia fazer isto em terras do mosteiro. Por conta disso, foi realizada a transferência da sede da vila, que ficava na margem esquerda do Ribeirão dos Couros (hoje Ribeirão dos Meninos), para outro ponto, às margens do mesmo rio, onde, em 1812, surge a Igreja Matriz e são traçadas as primeiras ruas, derivadas da Estrada Geral de Santos (Caminho do Mar ou Estrada do Vergueiro), que seriam o ponto inicial do núcleo urbano do município.

Em 1812, o Marquês de Alegrete eleva São Bernardo a freguesia. Em 1890, com a instalação do Governo Republicano, São Bernardo se torna município, ainda abrangendo Santo Amaro e todas as demais cidades da atual Região do Grande ABC. Após algum tempo, Santo Amaro se torna município independente e separa-se de São Bernardo, sendo, depois (em 1935), anexado pela capital, tornando-se um distrito.

Com a abertura da São Paulo Railway, em 1867, ligando São Paulo a Santos, ocorre o abandono da Estrada Geral de Santos, provocando, assim, nova estagnação no crescimento da sede do município (a atual São Bernardo do Campo). A estação de São Bernardo, distante da sede do município e conhecida por Bairro da Estação, passa a constituir um núcleo urbano a partir de 1867. Mais tarde, em 1910, por solicitação dos habitantes deste núcleo, a estação passa a ser denominada pela São Paulo Railway como "Santo André", em homenagem à vila fundada por João Ramalho. Nascia então o futuro município de Santo André.